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INGÉNIEUR-E BIOINFORMATICIEN-NE / BIO-COMPUTING EXPERT_027_SJ - H/F

Nous recherchons un.e ingénieur.e bio-informaticien.ne pour rejoindre notre consortium CellPath. Un financement de 18 mois est disponible dans l’équipe Jarriault (IGBMC, Strasbourg) ; ce travail sera en lien avec l’équipe Heinrich (SBRI, Lyon).

We are looking for a bioinformatics engineer to join our CellPath consortium. An 18-month funding opportunity is available within the Jarriault team (IGBMC, Strasbourg); this work will be carried out in collaboration with the Heinrich team (SBRI, Lyon).

Notre consortium travaille sur la plasticité cellulaire et la capacité de cellules différenciées à changer d’identité, un phénomène appelé reprogrammation directe ou transdifférenciation. Nous étudions la trajectoire de transdifférenciation (rectale-vers-neurone) observée naturellement chez C. elegans. Dans un second temps, nous la comparons à une trajectoire gliale-vers-neurone dans un modèle murin pour en extraire les mécanismes communs.

Equipe Jarriault : Nous avons identifié des évènements naturels de reprogrammation directe chez C. elegans, un petit ver microscopique (http://hobertlab.org/c-elegans-nobel-prizes/), que nous étudions à l’échelle de cellules uniques. Nous avons développé une méthode pour purifier au cours du temps une cellule unique qui se reprogramme, et avons obtenu de nombreuses données bulk and single cell RNA Seq et Dam ID. Avec ces outils nous voulons suivre non seulement la dynamique transcriptionnelle, mais aussi les états cellulaires intermédiaires (« Transitions states ») au cours de la reprogrammation pour en identifier les nœuds de régulations clé , et ce in vivo dans un modèle intégré et physiologique. Notre équipe, internationale (http://igbmc.fr/research/department/1/team/8/), est située à l’IGBMC (http://igbmc.fr/), un institut multidisciplinaire à Strasbourg.

En sus des interactions avec les bio-informaticien.nes de nos équipes, vous pourrez également interagirez directement avec d’autres équipes intéressées par des thématiques et des approches similaires, par esemple http://igbmc.fr/research/department/1/team/131/, http://igbmc.fr/research/department/1/team/6/, https://www.igbmc.fr/equipes/regulation-genomique-computationnelle, ainsi que les bio-informaticien.nes liés à la plateforme de séquençage de l’institut.

Our consortium is working on cellular plasticity and the ability of differentiated cells to change their identity, a phenomenon known as direct reprogramming or transdifferentiation. We are studying the transdifferentiation path (rectal-to-neuron) observed naturally in C. elegans. We will then compare this to a glial-to-neuron path in a mouse model to identify common mechanisms.

Jarriault team: We have identified natural events of direct reprogramming in C. elegans, a small microscopic worm (http://hobertlab.org/c-elegans-nobel-prizes/), which we study at the single-cell level. We have developed a method to purify a single reprogramming cell over time, and have obtained extensive bulk and single-cell RNA-Seq and Dam ID data. Using these tools, we aim to track not only transcriptional dynamics but also intermediate cellular states (‘transition states’) during reprogramming to identify key regulatory nodes, and to do so in vivo within an integrated and physiological model. Our international team (http://igbmc.fr/research/department/1/team/8/), is based at the IGBMC (http://igbmc.fr/), a multidisciplinary institute in Strasbourg.

In addition to working with the bioinformaticians in our teams, you will be able to interact directly with other teams interested in similar topics and approaches (e.g. http://igbmc.fr/research/department/1/team/131/, http://igbmc.fr/research/department/1/team/6/, https://www.igbmc.fr/equipes/regulation-genomique-computationnelle, for example), as well as bioinformaticians associated with the institute’s sequencing platform.

Missions : 

• Prise en charge du transfert et stockage des données brutes sur les serveurs des équipes
• Mise en place d’un système d’archivage standardisé des analyses (protocoles, codes, etc, et des paramètres clés pour chacune), dans les équipes
• Mise en place dans l’équipes (et éventuel développement) d’outils d’analyse et interfaces utilisables par les chercheurs de l’équipe : omics, RNA-Seq
• Participation à la bio-analyse des données omics (RNA Seq surtout) générées dans le laboratoire (contrôle qualité et analyse) et leur interprétation – cross comparaison entre modèles.
• Participation à la rédaction des sections spécialisées des articles

Responsibilities

• Managing the transfer and storage of raw data on the teams’ servers
• Setting up a standardised archiving system for analyses (protocols, codes, etc., and key parameters for each) within the teams
• Implementing (and potentially developing) analysis tools and interfaces within the teams for use by researchers: omics, RNA-Seq
• Participating in the bioanalysis of omics data (primarily RNA-Seq) generated in the lab (quality control and analysis) and its interpretation – cross-comparison between models.
• Participation in the drafting of specialised sections of articles

Merci d’envoyer un CV détaillé (avec expérience de recherche et liste de publications), une lettre de motivation et les contacts de 2-3 références.

Please send a detailed CV (including research experience and a list of publications), a cover letter and the contact details of 2–3 referees.

Connaissances et compétences mobilisées :

• Connaissance des données de génomique et de bio-analyse
• Connaissance des outils d’analyse et de visualisation des données RNA-Seq et idéalement DAM ID, ATAC Seq
• Connaissance des méthodes d’analyse des données de génomique single cell et des méthodes de classifications utilisées (ACP, K-means, t-SNE, PLS…)
• Maitrise de l'environnement Unix/ 
• Langages bash, R, Python ou Perl
• Connaissances approfondies en biologie

Plus :

• Expérience dans le développement de pipelines d'analyse de données

Required knowledge and skills

• Knowledge of genomic data and bioanalytics
• Knowledge of tools for analysing and visualising RNA-Seq data and, ideally, DAM ID and ATAC Seq
• Knowledge of methods for analysing single-cell genomic data and the classification methods used (ACP, K-means, t-SNE, PLS, etc.)
• Proficiency in the Unix environment
• Bash, R, Python or Perl
• Advanced knowledge of biology

Plus :

• Experience in developing data analysis pipelines

Qualités requises

• Autonome et rigoureu.se, qualités relationnelles, goût pour le travail d'équipe et le partage des connaissances.
• Esprit d'initiative, curiosité, créativité technique.
• Maitrise de l’anglais scientifique

Required qualities

• Self-motivated and meticulous, good interpersonal skills, a passion for teamwork and knowledge-sharing
• Initiative, curiosity, technical creativity.
• Proficiency in scientific English