Ingénieur de Recherches analyse de données en séquençages cellules uniques - H/F
L'entreprise
L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.
Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.
L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.
Le poste
Labellisé en mai 2023, l’Institut Hospitalo-Universitaire (IHU) Immun4Cure est le fruit de la
collaboration entre l’Inserm, le CHU de Montpellier et l’Université de Montpellier. Il incarne
une initiative novatrice rassemblant 15 équipes mixtes de recherche et plus de 200 personnels de recherche. Centré sur la polyarthrite rhumatoïde, le lupus et la sclérodermie, les objectifs sont :
- Comprendre et modéliser la réponse immunitaire à partir de modèles pré-cliniques humanisés
- Proposer un parcours de soins optimisé et dédié aux maladies auto-immunes systémiques
- Favoriser l'accessibilité aux thérapies curatives par le développement de stratégies basées sur les technologies ARN
- Favoriser la formation et développer une école de santé de biotechnologies et applications en santé
Mission principale :
L’ingénieur·e de recherches recruté·e aura pour mission la mise en place, l’intégration et le maintien de pipelines automatisés pour le traitement de données issues du séquençage en cellules uniques, en lien étroit avec la plateforme technologique correspondante et les équipes de bioinformatique de l’IHU Immun4Cure.
Il/elle participera également à la conception, à l’évolution et à l’alimentation de la base de données centrale de l’IHU pour les données de séquençage en cellules uniques, ainsi qu’à la mise en œuvre d’outils de contrôle qualité des données.
À terme, le poste évoluera vers l’analyse de jeux de données en cellules uniques afin de soutenir les projets de recherche des équipes de l’IHU.
Activités principales :
- Implémenter des pipelines automatisés de traitement de données de séquençage en cellules uniques en combinant logiciels constructeurs et logiciels libres.
- Intégrer les pipelines à la plateforme multimodale de l’IHU : insertion des données dans la base de données centrale, dépôt des fichiers dans l’architecture de représentation des données, suivi des versions logicielles et des bases de données de référence.
- Participer au design et à l’évolution de la base de données centrale pour les données de séquençage en cellules uniques.
- Mettre en place des outils de suivi et de contrôle qualité des données, avec enregistrement d’indicateurs dans la base de données centrale.
- Coordonner les pipelines spécifiques aux données des récepteurs de cellules B avec la plateforme IMGT.
- Générer les logs, métadonnées et la documentation nécessaires au suivi des traitements et à l’assurance qualité
- Participer aux réunions de coordination avec les bioinformaticiens de l’IHU et les plateformes technologiques.
Spécificité(s) et environnement du poste :
- Poste au sein de l’IHU Immun4Cure, fondation hébergée par la Fondation Inserm, labellisée France 2030.
- Environnement scientifique pluridisciplinaire associant recherche fondamentale, clinique et innovation technologique.
- Collaboration étroite avec : la plateforme de séquençage en cellules uniques, la plateforme IMGT, les bioinformaticiens et informaticiens de l’IHU.
Profil recherché
Connaissances :
- Programmation en Python et R.
- Algorithmique et statistiques, incluant statistiques multivariées et méthodes de machine learning.
- Principes du séquençage en cellules uniques et/ou spatial.
- Bases de cytométrie.
- Connaissances en immunologie.
Savoir-faire :
- Développement et automatisation de pipelines bioinformatiques.
- Intégration de données dans des bases de données complexes.
- Mise en place de procédures de contrôle qualité des données.
- Gestion des versions logicielles et des référentiels.
- Rédaction de documentation technique.
Aptitudes :
- Capacité à interagir avec des biologistes, cliniciens et chercheurs.
- Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
- Rigueur, transparence et sens de l’organisation.
- Autonomie et sens des responsabilités.
- Motivation et implication.
Expérience(s) souhaité(s) :
- Expérience en bioinformatique et/ou en analyse de données de séquençage. (une expérience en séquençage en cellules uniques et/ou en immunologie serait appréciée.)
Compétences recherchées
Éléments nécessaires pour postuler
Pour valider votre candidature, nous vous demandons de fournir les éléments suivants, vous devrez télécharger les pièces demandées directement lors de votre inscription.
Toute candidature incomplète ne sera pas traitée par nos services.
Document(s) :
Candidature facile