Missions

Au sein de l’équipe « Immunologie intégrative des lymphocytes B » (P. Milpied), la personne recrutée sera chargée de l’analyse bioinformatique des données de transcriptomique spatiale à résolution cellulaire (10x Genomics Xenium) générées dans le cadre du projet DEMPAL, financé par la Fondation pour la Recherche Médicale (appel Maladies Chroniques Inflammatoires) en collaboration avec l’équipe d’A. Renand (CR2TI, Nantes). Le projet vise à caractériser les voies moléculaires et les interactions cellulaires qui contrôlent la réponse lymphocytaire T CD4 dirigée contre des antigènes hépatiques et la formation de structures lymphoïdes tertiaires dans un modèle murin préclinique.

Activités

principales

·         Concevoir et optimiser des panels de gènes Xenium personnalisés (~480 gènes) pour l’atlas cellulaire du foie murin inflammatoire, à partir de références scRNA-seq et spatiales et des données humaines du projet ANR PLAIR

·         Traiter les données Xenium : contrôle qualité, segmentation cellulaire optimisée (pipeline PASTIS), normalisation et intégration multi-échantillons (biopsies de foie murin en tissue micro-arrays)

·         Identifier les types et états cellulaires (clustering non supervisé, annotation par référence) et caractériser les voisinages tissulaires (structures lymphoïdes tertiaires, lésions inflammatoires)

·         Analyser l’activité des voies moléculaires (scores de modules géniques), l’expression différentielle entre conditions expérimentales et inférer la communication cellule-cellule

·         Comparer et intégrer les données murines avec les données de transcriptomique spatiale de biopsies hépatiques de patients (projet ANR PLAIR)

·         Produire des rapports d’analyse et des figures, et contribuer à la rédaction des publications

Activités

associées

·         Développer, maintenir et documenter les pipelines d’analyse de transcriptomique spatiale de l’équipe (versionnage, environnements reproductibles)

·         Participer aux réunions de projet avec l’équipe partenaire nantaise et aux réunions d’équipe

·         Interagir avec les plateformes de génomique et de bioinformatique du CIML, ainsi qu’avec la communauté bioinformatique régionale en omiques spatiales

·         Assurer une veille méthodologique et technologique en omiques spatiales

Connaissances

·         Bioinformatique et statistiques appliquées aux données transcriptomiques à haut débit (RNA-seq, scRNA-seq, transcriptomique spatiale)

·         Méthodes d’analyse de données multidimensionnelles (réduction de dimension, clustering, modélisation statistique)

·         Notions d’immunologie et de biologie tissulaire (lymphocytes T et B, organes lymphoïdes, inflammation)

·         Anglais scientifique écrit et oral

Savoir-faire

·         Maîtrise des langages R et Python et des écosystèmes d’analyse single-cell et spatiale (Seurat, Bioconductor, Scanpy, Squidpy…)

·         Traitement de données d’imagerie transcriptomique (Xenium) et méthodes de segmentation cellulaire

·         Environnement Unix/Linux, Shell, calcul sur cluster, gestion de versions (Git) et de workflows

·         Rédaction de rapports d’analyse et présentation de résultats à des biologistes

Aptitudes

·         Rigueur, autonomie et sens de l’organisation

·         Goût pour le travail en équipe pluridisciplinaire et aptitude au dialogue avec les biologistes

·         Esprit d’initiative et force de proposition méthodologique