BAP

A

Missions

L’équipe d’Estelle Duprez, Biologie moléculaire intégrative dans les leucémies (Inserm U1068, CNRS, Aix-Marseille Université et institut Paoli-Calmettes) recrute un(e) Ingénieur(e) d’Etudes en bioinformatique pour faire de l’analyse bioinformatique de données transcriptomiques et épigénétiques générées par le laboratoire

L’équipe développe une approche de biologie des systèmes à partir de données OMICs (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq) générées en bulk ou à l’échelle de la cellule unique sur des modèles murins et/ou des cellules de patients leucémiques pour décrypter les mécanismes liés à la leucémie.

La personne recrutée prendra en charge les analyses bioinformatiques des différents projets de l’équipe, elle sera amenée principalement à analyser des données de scRNA-seq avec un volet d’intégration multi-omics. L’objectif est d’étudier les corrélations entre les profils moléculaires et cellulaires en réponses à différents traitements afin de mieux comprendre les déterminants de la réponse/résistance thérapeutique.

Activités

principales

·  Mettre en place et optimiser les procédures de recueil et de contrôle des données

·  Réaliser le traitement des données

·  Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d'études

·  Adapter les applications informatiques aux besoins du projet

Activités

associées

·         Encadrement et gestion de projet

·         Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité

Connaissances

·     Avoir de bonnes connaissances de génomique et des notions de biologie du cancer

·     Connaissance des méthodes statistiques classiques et de leurs applications

·     Connaissance de l’environnement Linux/Unix

Savoir-faire

·     Maîtrise des outils biostatistiques et bioinformatiques, en particulier ceux utilisés pour les analyses de données NGS (RNAseq/single-cell RNAseq)

·     Maîtrise d’un langage de script (Python, Bash)

·     Excellente maitrise de R

·     Utilisation d’outils de versionning pour développement collaboratif (git)

·     Utilisation de logiciel de conteneurisation (type docker ou singularity)

Aptitudes

·     Travailler avec rigueur et méthode

·     Des capacités d’encadrement et de gestion de projet sont également souhaitables.

·     L'activité demande un bon niveau d'anglais (écrit et oral) pour échanger sur les résultats des analyses.

Spécificité(s) / Contrainte(s)

du poste

Expérience

souhaitée

·         Une première expérience en analyse NGS est souhaitée

Diplôme(s)

souhaité(s)

·         Bac+5 / Master